22 травня 2006 року зареєстровано ТОВ «Футбольний Клуб «Львів», а наступного дня у Києві близько 15-ї години на засіданні Бюро Професіональної футбольної ліги України прийнято рішення про визнання футбольного клубу «Львів» правонаступником ФК «Газовик-Скала» (Стрий).
Група фахівців, яким не байдужа доля спорту номер один в країні, заслухавши пропозиції, прийняла рішення про визнання футбольного клубу «Львів» правонаступником ФК «Газовик-Скала» (Стрий). Таким чином, спортивна Україна отримала футбольний клуб з власною символікою, кольорами та чистим аркушем паперу, на якому писатиметься історія нової команди. Першим з пропозицією допомогти клубу зголосився впливовий вітчизняний бізнесмен Юрій Іванович Кіндзерський - уродженець міста Добромиль, що у Старосамбірському районі Львівської області, який є головою правління Української Страхової Компанії «Княжа». Таким чином, місто Лева отримало змогу виставити на змагання у першій лізі новий колектив. 
Відповідальний пост президента ФК «Львів» обійняв Юрій Кіндзерський. Юрій Іванович зобов’язався забезпечувати фінансування нової команди і зазначив, що радий налагодити ділову та конструктивну співпрацю з усіма, кому не байдужа доля львівського та українського футболу. Висловив сподівання, що було б добре, щоб і місцева влада спричинилася до становлення цього молодого клубу. Поза тим ФК «Львів» у жодному випадку не можна вважати муніципальним клубом. Адже кошти на становлення і розвиток клубу з міського бюджету не поступають. Під час першої прес-конференції, яка відбулася у приміщенні Федерації футболу Львівської області 25 травня 2006 року, Юрій Іванович зазначив, що для мешканців такого великого міста, яким є Львів, однойменна команда має стати улюбленицею. Продовжуючи свої роздуми, президент зауважив, що поміж ФК «Львів» і «Карпатами» повинна відбуватися добросусідська та плідна співпраця. На перший погляд ніби все просто. Проте за формуванням футбольного клубу стоїть повсякденна і відповідальна робота людей, що взялися за її виконання. У першу чергу - це Юрій Кіндзерський, який найкраще розуміє суть справи, тому й очолив цю непросту ділянку. Завдяки його копіткій праці на краще змінився призабутий стадіон СКА. Доведено до ладу підтрибунні приміщення. Трава на полі ожила і заграла новими яскраво-зеленими барвами.
   Люди, обізнані у футболі, розуміють, що для створення сучасного футбольного клубу і боєздатної, навіть на рівні першої ліги, команди потрібен час. Закладено основи для розбудови дійсно професіонального футбольного клубу. Запрацювала комплексно-наукова група, керівником якої є викладач Львівського університету фізкультури і спорту Богдан Хоркавий. Розпочала свою роботу й дитячо-юнацька футбольна школа при ФК «Львів» - директор Ярослав Лемех. До речі, у майбутньому на вихованців цієї школи львів’яни покладатимуть великі надії. Футболісти забезпечені усім необхідним, чого вимагають умови професіонального футболу. Команда у своє користування отримала комфортабельний автобус шведської марки «Scania».
Команда укомплектувалася вітчизняними гравцями, з яких чимало вихованців львівського футболу.
Для ФК «Львів» календарний футбольний 2006-й рік розпочався 21 липня 2006 року переможним матчем проти бориспільського «Борисфена». Львів’яни провели гру на високому рівні і заслужено перемогли - 3:1 (автори голів Владислав Середа, Володимир Мазяр та Костянтин Деревльов). У першій лізі львівські футболісти з першого туру амбіційно заявили про свої наміри. Після семи турів ФК «Львів» з 15-ма очками посідав третє місце і мав хороші перспективи. Проте, не-зіграність колективу і «коротка» лава запасних спричинилися до того, що наміри керівництва клубу і тренерського штабу не завжди реалізовувались належним чином. Три поразки поспіль від «Оболоні», Охтирки і «Динамо-2» відкинули команду на восьме місце. Дві домашні перемоги над Олександрією та «Поділлям» дещо покращили настрій. Однак не надовго. Заключні 8 ігор літньо-осінньої частини першості принесли до скарбнички команди лише 6 пунктів. З таким доробком важко випереджати суперників.
22 листопада завершили рік поєдинком в Борисполі проти «Борисфена» - 1:1 (Микола Баглай). У турнірній таблиці після осінньої частини змагань львів’яни зупинилися на 12-му місці.
Візитною карткою для «синьо-золотих левів» стали кубкові поєдинки. Спершу на виїзді львів’яни впевнено обіграли рівненський «Верес» - 2:0. Голевими ударами відзначилися Григорій Баранець і Юрій Войтович. Наступні два поєдинки футболісти ФК «Львів» провели на своїй домашній арені – стадіоні СКА. Матч 1/16 фіналу Кубка України зібрав понад вісім тисяч глядачів, багато з яких підтримували молодий колектив.
Уболівальники стали свідками драматичного поєдинку і заслуженої перемоги молодої команди над старшим «зелено-білим» сусідом. Основний час не виявив переможця, а воротар ФК «Львів» Олександр Бабак парирував пенальті від бразильця Батісти. У додаткові півгодини гри команди обмінялися голами. На влучний удар Батісти ефективно відповів Гриценко. Переможець дуелі визначився у серії одинадцятиметрових ударів. Кращими виявилися львів’яни. А героєм матчу визнано Бабака, який у підсумку відбив три пенальті. Тож, як результат, переконлива і заслужена перемога ФК «Львів» з рахунком - 4:1. Така перемога не може бути випадковою. Вона таки відображає силу ФК «Львів»!
Невдовзі до Львова приїхав ще один вищоліговий гранд – харківський «Металіст», і підопічні Богдана Бандури ледь вдруге не стали авторами сенсації. Поступаючись у першому таймі з різницею у два м’ячі, відігралися. Додатковий час переможця не виявив. Були сподівання, що Бабак знову стане героєм матчу. Однак, цього не сталося. Олександр відбив один удар, а його партнери двічі схибили і пропустили «Металіст» до чвертьфіналу - 6:7.
Футбольні фахівці про гру ФК Львів» відзивалися з похвалою. Говорилося, що команда бойова, завзята і амбіційна. ФК «Львів» демонстрував, як на початківця, доволі пристойні результати. Проте завжди хочеться кращого. Великі сподівання покладалися на зимове міжсезоння, однак їм не судилося збутися з різних причин. ФК «Львів» майже на половину оновив склад. Пішли з команди - Олександр Бабак, Андрій Богач, Юрій Войтович, Олександр Волинець, Тарас Гамарник, Володимир Лукашук, Володимир Мазяр, Юрій Паньків, Владислав Середа, Сергій Щастливий. На їх місця запрошено нових футболістів - Ігоря Білана, Любомира Гальчука, Андрія Ільчишина, Юрія Кудінова, Назара Литвина, Олександра Мандзюка, Мар’яна Марущака, Артема Остапця, Андрія Радя, Андрія Сапугу, Павла Худзіка. Однак у першості України оновлений ФК «Львів» демонстрував далеку від очікувань та можливостей гру, і як наслідок, 6 квітня 2007 р. у відставку подали директор клубу Ростислав Заремба, начальник команди Ігор Цюпа, головний тренер Богдан Бандура, старший тренер Андрій Чіх та тренер-селекціонер Тарас Павліш.   
Президент ФК «Львів» Юрій Кіндзерський доручив виконувати обов’язки головного тренера В’ячеславу Маврову, начальником команди призначено Юрія Московського, який до цього часу працював у столичному ЦСКА. Директором клубу обрано Романа Лабу, який обіймав посаду керівника спортивно-організаційного відділу у ФК «Львів».
Однак перестановка не одразу пішла клубу на користь. Довелось проковтнути гірке - 1:3 в Ужгороді від місцевого «Закарпаття», яке стрімголов мчалося до вищої ліги та змиритися з поразками у Львові від «Оболоні» та в Охтирці від «нафтовиків» по 0:1.
Проте керівництво клубу та й самі футболісти вірили у краще. І воно, краще, наступило. У рідних стінах команда зіграла у нічию (1:1) проти другого «Динамо» з Києва. Ця гра посприяла підвищенню активності у львівських футболістів і з Олександрії повернулися з перемогою – 3:2. Наступним кроком було запрошення на посаду головного тренера відомого у широких футбольних колах гравця і тренера Степана Юрчишина. Новий керманич прийняв колектив дещо нетрадиційно. Степан Федорович щойно після складної операції, сам ставав на ноги і взявся за становлення команди. Бойове хрещення Юрчишина на посаді головного тренера відбулося в Красилові 7 травня 2007 року. На місцевому стадіоні львів’яни впевнено (3:1) перемогли «Поділля».
З цього поєдинку розпочалося сходження ФК «Львів». Хоча й необхідно зазначити, що дорога на вершину була тернистою. Якщо з грою команда давала собі раду, то з домівкою, на якій можна було б провадити домашні матчі виникли проблеми, але не з вини клубу.
Стадіон СКА, який львів’яни привели в порядок і орендували на час тренувань і матчів, перестав відповідати вимогам ФФУ і ПФЛ України. У керівництва клубу було велике бажання отримати цей спортивний об’єкт у власність, щоб модернізувати його до вимог сьогодення. Однак голос Юрія Кіндзерського в місті не був почутим. Спроби президента клубу придбати земельну ділянку під будівництво стадіону також позитивного результату не принесли. Не вдалося орендувати і жоден із львівських стадіонів, які за різних обставин набули нових власників. При цьому найвищі посадовці Львова і області запевняли, що справи вирішуються на користь ФК «Львів». Однак слова влади вкотре розійшлися з ділом.
Тож Юрій Іванович не став чекати на чиюсь ласку, заповзявся до роботи і за чотири з половиною місяці у Добромилі виріс красень-стадіон «Княжа Арена» на 3220 глядачів, який і став домівкою ФК «Львів». Місцевий уболівальник отримав можливість спостерігати за хорошим футболом, тож львів’яни підтримувані великим ентузіазмом добромильського прихильника шкіряного м’яча достроково добули путівку до Прем’єр-ліги. ФК «Львів» відіграв на грищі цієї новобудови 17 поєдинків з результатом: 12 перемог; 3 нічиїх; 2 невдачі; співвідношення м’ячів – 31:9.
Під керівництвом Степана Юрчишина синьо-золоті леви зіграли 46 поєдинків, у яких здобули 27 перемог, 8 нічиїх і 11 раз поступилися. Співвідношення м’ячів – 70:33.
Разом з виходом команди в елітний дивізіон українського футболу, «Львів» водночас повернувся і до столиці Галичини, де впродовж ігор літньо-осіннього періоду сезону 2008/2009 розділяв стадіон «Україна» з іншим футбольним клубом міста Львова – «Карпатами». На цій футбольній арені «Львів» зіграв 9 матчів, з яких три виграв, п’ять програв і один зіграв внічию. Через різні обставини «Львову» у «Прем’єр-Лізі» довелося грати домашні матчі у Луцьку, Києві, а також Добромилі.
Під час виступів «синьо-золотих» у «Прем’єр-Лізі», діями команди керували три наставники – Степан Юрчишин (1-9 тури), Роман Лаба (10 тур) і Сергій Ковалець (11-30 тури).
Розпочав свій виступ в «Прем’єр-Лізі» футбольний клуб «Львів» сенсаційно і потужно, обігравши в рідних стінах, на очах багатотисячної армії вболівальників, майбутніх тріумфаторів Кубка УЄФА - донецький «Шахтар» з рахунком 2:0. Після цієї гри команда увійшла в смугу невдач. Наслідком кількох програних матчів стала зміна тренера. Команду в Степана Юрчишина перейняв Сергій Іванович Ковалець, що працював у харківському «Металісті» помічником Мирона Маркевича. Разом із Сергієм Івановичем до Львова прийшов Юрій Беньо, який ще донедавна грав у складі київського «Арсеналу». До завершення осінньої частини «леви» покращили своє турнірне становище, але з дна таблиці не піднялись. За час виступів «Львова» під керівництвом Ковальця «синьо-золоті» святкували перемоги у п’ятьох матчах, шість разів грали внічию і зазнали дев’ятьох поразок.
Щодо Кубка України, то «Львів» у сезоні 2008/2009 років знову зупився на стадії 1/8 фіналу, як і в попередні рази. Ось такий злий жарт долі. Після «Металіста» та «Іллічівця» алчевська «Сталь» стала на заваді львівським «городянам» по дорозі до другого за значимістю трофею в країні.
Взимку період був теж нелегкий. Всі українські клуби без виключення зачіпила світова економічна криза. Під час зимового міжсезоння команду залишили Іван Котенко, Ярема Каваців, Роман Полтавець, Олександр Шевелюхін, Дмитро Гордієнко та Владислав Ващук. Натомість ряди львів'ян поповнила в основному молодь розформованого ФК «Княжа» - Владислав Лупашко, Олександр Мандзюк, Дмитро Зозуля, Артем Мостовий, Євгеній Чепурненко, Володимир Танчик, Михайло Сікорський. Також до команди долучився голкіпер Олександр Мусієнко, досвідчений захисник Віталій Розгон та перспективний форвард Олександр Ліщук.
Кінцівка чемпіонату була дуже гарячою, цікавою, непередбачуваною та інтригуючою. Волею календаря, доля «Львова» повинна була вирішитись в останньому турі саме у Львові у грі з «Карпатами». У драматичному протистоянні «синьо-золоті» поступились 1:2 і за результатами сезону знову повернулися до Першої ліги (30 ігор, 6 перемог, 8 нічиїх, 16 поразок, різниця м’ячів – 24:39, 26 очок у підсумку і 15 сходинка у таблиці). До «рятівного» 14 місця забракло одного набраного очка… Так, ми програли, але в цей вечір у нас були свої перемоги. Ми закалили характер, ми показали чесний і достойний футбол, який подобається вболівальникам. Попри поразку, увесь стадіон вітав «городян», як переможців. Підтримка трибун і їхня реакція – це завжди відображення того, як ми працюємо.
Молодіжна команда «Львова» у своїй першості посіла 13-ту сходинку (26 очок – 7 перемог, 5 нічиїх, 18 поразок, різниця м’ячів – 29:60). А форвард дублюючого складу Тарас Яворський з 10-ма м’ячами увійшов в список кращих бомбардирів чемпіонату.