У 90-ті роки у СК "Прометей" з'явився тезка. Втім, ніякого відношення до спортклубу, що представляв Придніпровський хімзавод, однойменний футбольний клуб не мав.
Цей колектив був заснований у березні 1991 року, його співзасновниками стали горспорткомітет, ремстройуправленіе, Дніпродзержинський індустріальний інститут. Згодом спонсорами міського футбольного клубу були невеликі комерційні організації міста.
Кістяк команди склали випускники ДЮСШ Горон, які грали в 1990 році за команду "Буревісник". І, мабуть, логічніше буде вести історію ФК "Прометей" від китайського турне "Буревісника" у грудні 1990 року. Виступивши в зимовому першості Дніпродзержинська з міні-футболу під назвою "Підводник", ФК "Прометей" взяв старт у чемпіонаті України серед КФК. І знову не під своїм ім'ям. За формальних причин керівництво "Радист", чиє місце у всеукраїнських змаганнях посіла команда, умовою передачі права на участь поставило виступ у першості України під назвою "Радист". Лише з другого кола змагань горде ім'я "Прометея" з'явилося в протоколах матчів. Підсумок сезону виявився цілком успішним. Молода команда посіла 6 місце в своїй зоні. Її кращим бомбардиром став Геннадій Попович, згодом гравець "Кривбасу" та донецького "Шахтаря" і санкт-петербурзького "Зеніту".
Середній вік команди склав близько 20 років і, здавалося, перед нею відкривалися гарні перспективи для професійного росту, але вже рік по тому в життя колективу увійшли перманентні фінансові труднощі.
Невдалий виступ у перехідній лізі 1992/93 рр.. поклало початок затяжної кризи у ФК "Прометей", який призвів до ганьби 5 листопада 1995 року. Цього дня було "досягнуто" найбільшої поразки в офіційному матчі за всю історію дніпродзержинського футболу. На очах власних уболівальників команда (вірніше те, що від неї залишилося) зазнала приниження з боку севастопольської "Чайки", програвши їй із просто непристойним рахунком - 0:11. На цьому історія ФК "Прометей" закінчилася.
ФК "Прометей" використав спортивну базу Придніпровського хімічного заводу, матчі проводив на стадіоні "Перемога" (місткість - 15600 місць). Кілька матчів були зіграні на стадіонах "Металург" і "Буревісник".