ФК «Таганрог» був утворений 2 лютого 2006 року. У 2005 році губернатор Ростовської області Володимир Чуб підписав указ про відродження футболу в Ростовській області і зажадав у мерів великих міст відновити футбольні команди. Засновниками клубу стали МУП «Таганрогенерго», ВАТ «ТКЗ" Червоний казаняр "» та Комітет з управління майном м. Таганрога. Був оприлюднений бюджет у 20 мільйонів рублів. Каменем спотикання залишався стадіон «Торпедо», який знаходився у власності компанії «Діжен», але після низки переговорів її засновник А. Денисов погодився безоплатно передати стадіон в муніципальну власність. Після цього мер міста і за сумісництвом президент ФК «Таганрог» Микола Федянін відправив запит в ПФЛ про включення ФК «Таганрог» до цієї організації, що давало право на участь у другій професійній лізі Росії. Згоду було отримано, і в лютому 2006 року ФК «Таганрог» офіційно став членом ПФЛ.
Перший матч в історії відбувся 9 квітня 2006 року в Краснодарі, де ФК «Таганрог» протистояв «Краснодар-2000». Гра завершилася переконливою перемогою таганрожцев 4-1. Місце головного тренера клубу по ходу сезону зайняв Павло Гусєв, який змінив Анатолія Булгакова, який пішов з-за проблем зі здоров'ям. Сезон 2006 року ФК «Таганрог» завершив на 14-му місці.
Другий в історії сезон ФК «Таганрог» закінчив на 7-му місці, тим самим повторивши результат «Торпедо» Таганрог 1997 року. У першому колі футболістам таганрозького команди вдалося потрапити в групу лідерів і у свій час займати другий рядок. У другому колі відбувся спад, і команда опустилася на 7-у позицію. Гравець клубу Георгій Смуров забив 15 м'ячів і поділив 4-5 місце у списку бомбардирів зони «Південь».
У сезоні 2008 року ФК «Таганрог» фінішував на 12 місці. Кращим бомбардиром команди з 9 забитими м'ячами став Андрій Міхєєв.
У сезоні 2009 року ФК «Таганрог» посів останнє 18 місце. Рішенням ПФЛ від 25 листопада 2009 року ВАТ ФК «Таганрог» було виключено з ПФЛ. Однак 28 січня 2010 клуб був прийнятий назад.