Гравець німецького клубу «Вердер». З 2008 року виступає за збірну Австрії.
Протягом чотирьох років виступав за нідерландський «Твенте».
З 6 серпня 2009 року, на правах оренди, грав за італійський «Інтер» по 30 травня 2010 року.
4 червня 2010 Арнаутович підписав чотирирічний контракт з бременським «Вердером».