З'явився на світ у Фуенлабрада — передмісті Мадриду. З раннього дитинства почав копати м'яч і згодом (у віці 11 років) потрапив до дитячої футбольної школи «Атлетико». Вже з перших ігор стало зрозуміло, наскільки талановитим є Фернандо. Хлопця починають запрошувати до юнацьких збірних Іспанії різного віку. Навесні 2001 р. стає найкращим бомбардиром і гравцем турніру на на чемпіонаті Європи U-16. Наступного року допомагає Іспанії виграти чемпіонат Європи U-19 — Торрес став найкращим бомбардиром і його визнали найкращим футболістом турніру.
У дорослій команді «Атлетико» дебютував 3 червня 2001 року в грі Сеґунди «Атлетико»—«Леґанес» за кілька хвилин до кінця зустрічі і відразу ж забив гол, миттєво завоювавши таким чином прихильність уболівальників «смугастих».
На Чемпіонаті світу з футболу 2006 забив 3 голи.